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要查询苹果手机已删除的短信，可以尝试以下方法。

1、iTunes备份：如果之前有使用iTunes备份过手机，可以通过恢复备份来找回已删除的短信，具体步骤为：打开iTunes，找到“恢复备份”，选择最近的备份文件，然后选择“恢复”，这样，所有备份到iTunes上的数据都会被恢复到手机中，包括已删除的短信。

2、专业数据恢复软件：可以使用第三方数据恢复软件，如开心手机恢复大师等，来扫描并找回已删除的短信，这些软件可以扫描iPhone中的数据库文件，找到并恢复已删除的短信，使用这类软件时，请确保从官方渠道下载，并按照软件的指导进行操作。

3、iCloud备份：如果使用了iCloud备份，可以尝试登录iCloud官网，通过恢复备份来找回短信。

需要注意的是，这些方法只是尝试找回已删除的数据，并不能保证一定可以成功恢复，为了避免数据丢失，建议定期备份手机数据。

操作都需要一定的时间和精力，如果对操作不确定，建议咨询苹果官方客服或专业的手机维修人员。